Skip to content

GitLab

Closed
Created by Aminat Imanaliyeva@aimanalieva🍀Maintainer

GATK разделение по интервалам

Проблема с преобразованием BED файла из ** preprocessed_intervals.interval_list**

Выполняла по команде: sed 's/:\|-/\t/gi' preprocessed_intervals.interval_list | grep -v "^@" | cut -f 1-3 preprocessed_intervals.interval_list > intervals.bed

Но при запуске некстфлоу с файлом полученным intervals.bed получила ошибку

Command error:
  > parsing BED at intervals.bed
  thread 'main' panicked at src/position_filter.rs:257:32:
  index out of bounds: the len is 2 but the index is 2
  note: run with `RUST_BACKTRACE=1` environment variable to display a backtrace

Проверила колонки где меньше 2 столбцов, нашла одну строчку:

awk 'NF < 3' ../docker/intervals.bed @HD VN:1.6

не знаю что делать....